Máy tách protein, đôi khi được gọi là máy tách bọt, được sử dụng để loại bỏ chất rắn hòa tan và các hạt mịn mà quá trình lọc cơ học không bắt được. Trong hệ thống, một phần của thiết bị lọc protein sẽ loại bỏ chất rắn lắng đọng ở đáy bộ lọc sinh học và một phần khác sẽ kích hoạt lại màng sinh học đã được tách ra trong bộ lọc sinh học và bổ sung các vi sinh vật có lợi, quay trở lại bộ lọc sinh học và do đó hình thành vòng tuần hoàn bên trong. Quá trình hớt váng có hiệu quả nhất trong các hệ thống nước mặn.