Máy tách protein, đôi khi được gọi là thiết bị phân đoạn bọt, được sử dụng để loại bỏ chất rắn hòa tan và các hạt mịn mà quá trình lọc cơ học không bắt được. Trong hệ thống, một phần của protein skimmer loại bỏ chất rắn lắng đọng ở đáy bộ lọc sinh học, và một phần khác kích hoạt lại lớp màng sinh học bị tước trong bộ lọc sinh học và bổ sung các vi sinh vật có lợi, quay trở lại bộ lọc sinh học và do đó hình thành một vòng tuần hoàn bên trong. Quá trình hớt váng hiệu quả nhất trong các hệ thống nước mặn.