พายโปรตีน ซึ่งบางครั้งเรียกว่าเครื่องแยกฟอง ใช้เพื่อกำจัดของแข็งที่ละลายและอนุภาคละเอียดที่การกรองเชิงกลไม่สามารถจับได้ ในระบบ ส่วนหนึ่งของพายโปรตีนจะกำจัดการสะสมตัวของของแข็งที่ด้านล่างของตัวกรองชีวภาพ และอีกส่วนหนึ่งจะกระตุ้นฟิล์มชีวภาพที่ลอกออกในตัวกรองชีวภาพอีกครั้ง และเพิ่มจุลินทรีย์ที่เป็นประโยชน์ กลับคืนสู่ตัวกรองชีวภาพ และทำให้เกิดการไหลเวียนภายใน กระบวนการ skimming มีประสิทธิภาพมากที่สุดในระบบน้ำเค็ม