RAS são usados em aquários domésticos e para produção de peixes, produção de camarão ou outras espécies onde a troca de água é limitada e o uso de biofiltração é necessário para reduzir a toxicidade da amônia. Outros tipos de filtragem e controle ambiental também são necessários para manter a água limpa e fornecer um habitat adequado para os peixes.