Os skimmers de proteína, às vezes chamados de fracionadores de espuma, são usados para remover sólidos dissolvidos e partículas finas que a filtração mecânica não captura. No sistema, uma parte do skimmer remove a deposição sólida no fundo do biofiltro, e outra parte reativa o biofilme despojado no biofiltro e adiciona microrganismos benéficos, retornando ao biofiltro e assim formando uma circulação interna. O processo de skimming é mais eficaz em sistemas de água salgada.