Les RAS sont utilisés dans les aquariums domestiques et pour la production de poissons, la production de crevettes ou d'autres espèces où l'échange d'eau est limitée et l'utilisation de la biofiltration est nécessaire pour réduire la toxicité de l'ammoniac. D'autres types de filtration et le contrôle de l'environnement sont souvent aussi nécessaires pour maintenir l'eau propre et fournir un habitat convenable pour les poissons