Les RAS sont utilisés dans les aquariums domestiques et pour la production de poissons, la production de crevettes ou d'autres espèces où l'échange d'eau est limité et l'utilisation de la biofiltration est nécessaire pour réduire la toxicité de l'ammoniac. D'autres types de filtration et de contrôle environnemental sont souvent également nécessaires pour maintenir une eau propre et fournir un habitat convenable pour les poissons.