Les écumeurs de protéines, parfois appelés fractionneurs de mousse, sont utilisés pour éliminer les solides dissous et les fines particules que la filtration mécanique ne capte pas. Dans le système, une partie de l'écumeur de protéines élimine les dépôts solides au fond du biofiltre, et une autre partie réactive le biofilm dépouillé dans le biofiltre et ajoute des micro-organismes bénéfiques, retournant au biofiltre et formant ainsi une circulation interne. Le processus d’écrémage est plus efficace dans les systèmes d’eau salée.