Les écumeurs de protéines, parfois appelés fractionneurs de mousse, sont utilisés pour éliminer les solides dissous et les particules fines que la filtration mécanique ne capte pas. Dans le système, une partie de l'écumeur de protéines élimine le dépôt solide au fond du biofiltre, et une autre partie réactive le biofilm dépouillé dans le biofiltre et ajoute des micro-organismes bénéfiques, retournant au biofiltre et formant ainsi une circulation interne. Le processus d'écrémage est le plus efficace dans les systèmes d'eau salée.