Un biofiltre est un lit de média sur lequel les micro-organismes se fixent et se développent pour former une couche biologique appelée biofilm. La biofiltration est donc généralement appelée procédé à film fixe. Généralement, le biofilm est formé par une communauté de différents micro-organismes (bactéries, champignons, levures, etc.), des macro-organismes (protozoaires, vers, insectes's larves, etc.) et des substances polymériques extracellulaires (EPS). L'aspect du biofilm est généralement visqueux et boueux.