Los RAS se utilizan en acuarios domésticos y para la producción de peces, camarones u otras especies donde el intercambio de agua es limitado y se requiere el uso de biofiltración para reducir la toxicidad del amoníaco. A menudo también son necesarios otros tipos de filtración y control ambiental para mantener el agua limpia y proporcionar un hábitat adecuado para los peces.