Los desnatadores de proteínas, a veces denominados fraccionadores de espuma, se utilizan para eliminar los sólidos disueltos y las partículas finas que la filtración mecánica no atrapa. En el sistema, una parte del skimmer de proteínas elimina la deposición sólida en el fondo del biofiltro, y otra parte reactiva la biopelícula despojada en el biofiltro y agrega microorganismos beneficiosos, regresando al biofiltro y formando así una circulación interna. El proceso de desnatado es más eficaz en los sistemas de agua salada.